รองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์ ได้ลงนามความตกลงหุ้นส่วนเศรษฐกิจอาเซียน-ญี่ปุ่น เมื่อวันที่ 11 เมษายน 2551 ปรากฎว่ามีความเข้าใจผิดเกี่ยวกับเรื่องนี้ว่าเป็นการลงนามอย่างไม่เปิดเผย และอาจมีประเด็นที่ไทยเสียผลประโยชน์ที่ต้องการปิดบังไม่ให้ทราบว่ารัฐบาลไทยได้ลงนามในความตกลงดังกล่าว

นางสาวชุติมา บุณยประภัศร อธิบดีกรมเจรจาการค้าระหว่างประเทศ เปิดเผยว่า อาเซียนและญี่ปุ่นได้ดำเนินการเจรจาจัดทำความตกลง AJCEP มาตั้งแต่ปี 2546 โดยสามารถยกร่างความตกลงฯ เสร็จสมบูรณ์แล้วเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ 2551 จากนั้นจึงได้มีการหารือเตรียมการเกี่ยวกับการลงนามความตกลงฯ ซึ่งฝ่ายอาเซียนเห็นชอบให้เป็นการลงนามโดยรัฐมนตรีเศรษฐกิจอาเซียนในช่วงการประชุมรัฐมนตรีเศรษฐกิจอาเซียน(AEM Retreat) ในเดือนพฤษภาคม ศกนี้

แต่ญี่ปุ่นต้องการให้มีการลงนามในช่วงปลายเดือนมีนาคม-ต้นเดือนเมษายน 2551 เนื่องจากญี่ปุ่นจะต้องนำความตกลงฯ เสนอต่อรัฐสภาให้ทันการประชุมครั้งสุดท้ายในเดือนพฤษภาคม 2551 มิฉะนั้นจะต้องรอไปอีก 1 ปี ในการให้สัตยาบันเพื่อให้ความตกลงฯมีผลใช้บังคับ จึงได้เสนอให้เป็นการลงนามด้วยวิธีที่แตกต่างจากพิธีการลงนามความตกลงระหว่างประเทศอย่างเป็นทางการทั่วไป คือจะเป็นการเวียนความ ตกลงฯให้แต่ละประเทศลงนามตามความสะดวกของแต่ละประเทศ

โดยตัวแทนของญี่ปุ่นจากเมืองหลวงและจากสถานเอกอัครราชทูตในแต่ละประเทศจะนำความตกลงฯไปให้ลงนาม ซึ่งได้เริ่มที่ญี่ปุ่นในช่วงปลายเดือนมีนาคม 2551 สำหรับไทยลงนามเป็นประเทศที่ 9 ดังนั้น ในการลงนามความตกลงฯ ดังกล่าวของไทยที่ทำเนียบรัฐบาล เมื่อวันที่ 11 เมษายน 2551 จึงมีเพียงเจ้าหน้าที่จากกระทรวงการต่างประเทศและกระทรวงการค้าและอุตสาหกรรมของญี่ปุ่น พร้อมด้วยอัครราชทูตฝ่ายการพาณิชย์จากสถานทูตญี่ปุ่นประจำประเทศไทยนำความตกลงมาให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์ลงนาม 

โดยไม่มีการจัดพิธีลงนามอย่างเป็นทางการแต่อย่างใด แต่ก็ได้มีการจัดทำเอกสารข่าวแจกให้แก่สื่อมวลชนได้รับทราบด้วยแล้ว ตามขั้นตอนหลังจากการลงนามเสร็จสิ้นแล้วแต่ละประเทศก็จะต้องไปดำเนินการตามกระบวนการภายในเพื่อให้ความตกลงฯมีผลใช้บังคับ โดยในส่วนของประเทศไทยก็ต้องดำเนินการให้เป็นไปตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย มาตรา 190 ที่กำหนดไว้ว่า ก่อนที่จะมีการให้สัตยาบันเพื่อแสดงเจตนาให้

ความตกลงฯมีผลใช้บังคับ คณะรัฐมนตรีจะต้องเสนอความตกลงฯ ต่อรัฐสภาเพื่อให้ความเห็นชอบ และต้องทำการเผยแพร่รายละเอียดความตกลงฯให้ประชาชนสามารถเข้าถึงข้อมูลอย่างแพร่หลาย ซึ่งกรมเจรจาการค้าระหว่างประเทศก็ได้นำรายละเอียดความตกลงเผยแพร่ในเว็บไซต์ www.dtn.go.th และ www.thaifta.com เพื่อให้ประชาชนทั่วไปสามารถตรวจสอบข้อมูลได้โดยไม่มีการปิดบังแต่อย่างใด และกำลังเตรียมการเพื่อนำเสนอเข้าสู่การพิจารณาของรัฐสภาในเร็วๆนี้

นอกจากนั้น เท่าที่ผ่านมากระทรวงพาณิชย์ โดยกรมเจรจาการค้าระหว่างประเทศได้พยายามดำเนินการเผยแพร่ข้อมูลผ่านช่องทางต่างๆมาโดยตลอด เช่น การชี้แจงสภาที่ปรึกษาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ การจัดทำคู่มือเผยแพร่สาระสำคัญของของความตกลงฯ การเผยแพร่ข่าว/บทความผ่านสื่อหนังสือพิมพ์ วิทยุ การให้ข้อมูลผ่านเว็บไซต์ การจัดสัมมนา

รวมทั้งได้เปิดรับฟังความคิดเห็นผ่านเว็บไซต์ และการเปิดตู้ปณ.รับฟังความคิดเห็นจากประชาชนทั่วไป โดยเมื่อเร็วๆนี้ก็ได้มีการจัดสัมมนาเผยแพร่ข้อมูลรายละเอียดของความตกลงฯ และเปิดรับฟังความคิดเห็นจากประชาชน ผู้ประกอบการ ผู้แทนจากสมาคมการค้าและองค์กรภาคเอกชนต่างๆ เมื่อวันที่ 3 เมษายน 2551 ที่โรงแรมอมารีวอเตอร์เกต กรุงเทพฯ และจะได้ดำเนินการประชาสัมพันธ์เผยแพร่ข้อมูลอย่างต่อเนื่องต่อไป